Das könnte daran liegen, dass bestimmte Zeilen per HTML-Tag geändert wurden, was der HTML-Editor evtl. nicht überschreiben kann.
Öffne die gewünschte Seite zum Editieren und klicke obenlinks auf Quellcode, dort siehst du dann alle HTML-Codes die benutzt werden auf der Seite. Dort kannst du dann die Farben rauslöschen/ändern.
Auch mal hier nachgucken:
Sammlung von HTML-Codes:
http://www.homepage-baukasten.de/forum/viewtopic.php?t=992